1941 decemberének utolsó napjaiban már felszerelve várta az új kórházi épület a betegeket. Azzal az érzéssel történt az átköltözés, hogy a kórháznak ez az immáron harmadik elhelyezése a volt Epreskertben végleges lesz. Az első helyen, a Pivar-telken 38 évig, az Óvoda utcában 70 évig működött. Biztosra vehető, hogy ez a fordulat a kórház életében évszázadokat is jelenthet. Új egészségügyi felszereléssel bővítettük a kórház leltárát. December 31-én egy nap alatt megtörtént az átköltözés. Ebben a munkában az orvosok a többi egészségügyi dolgozóval és alkalmi munkással együtt nagy buzgalommal szorgoskodtak. Január elsejére már az új, adaptált épületben ébredtek fel a betegek. Megvalósult a város közönségének négy évtizedes kívánsága.
A sebészeti és a szülészeti osztály teendőit dr. Förgeteg János sebész szakorvos látta el, míg a belgyógyászati és fertőzőosztályt dr. Vígh Ágoston belgyógyász szakorvos vezette. A kórháznak akkor mindössze egy segédorvosa volt, dr. Radojka Mrkšić, aki a kórházban lakott. Négy apáca látta el a betegápolást és az élelmezést. A személyzeti létszám így alakult: 3 orvos, 5 ápoló, 1 bába, 2 takarítónő, 2 konyhalány, 1 kocsis, 1 gondnok, 2 tisztviselő, 2 mosónő, összesen: 20 személy.
Amint az új munkahelyen az egészségügyi munka bejáródott, kiderült, hogy a személyzet kevés, és rövidesen 30 főre kellett a személyzeti létszámot felemelni.
Gazdasági tekintetben a kórház önellátó volt, vagyis saját jövedelméből tartotta fenn magát, és kisebb beruházásokat is eszközölt. A jövedelem alapját az egy ápolási napra kiszámított kiadásnak megfelelő pénzösszeg, ún. napi ápolási díj képezte. Ezt az összeget fizették a privát betegek és a betegsegélyző tagjai. A szegénysorsúak gyógykezelése az ún. Országos Betegápolási Alap terhére történt. Havi átalányösszeget utalt át a minisztérium. Ennek az átalánynak a nagyságát a beterjesztett kimutatások alapján állapították meg. A kórház pénzügyi kezelését a "kórházfenntartó" város ellenőrizte.
Az adaptációval kapcsolatos kiadásokat a város fedezte. Megvolt az új kórház, de hiányzott a modern felszerelés. Ez a probléma is megoldódott. Bács-Bodrog vármegye Törvényhatósági Bizottságának 1942. január hó 29-én tartott rendes közgyűlése jegyzőkönyvének 74/1942. számú határozata így hangzik: "Zenta megyei város kérelme kórház felszerelés segély iránt, mert a város a közkórházat, mely a mai egészségügyi követelményeknek már semmiképpen sem felelt meg, más épületbe helyezte át, és ezzel egyidejűleg a közkórházat 120 ágyas kórházzá fejlesztette. Szükséges ezen átalakított és kibővített új kórház teljes és modern felszerelése, ezt azonban a város egymaga keresztül vinni nem tudja; éppen ezért a vármegyéhez fordult azon kéréssel, hogy a vármegye segély címen utaljon ki 20000 pengőt." Véghatározat: a város kérésének helyt adnak.
1942. február 4. Az alispán pályázatot hirdetett egy belgyógyász főorvosi, egy sebész főorvosi és három segédorvosi állásra. Ugyanezen év júniusában dr. Radojka Mrkšić segédorvost állásában megerősítik, kinevezik dr. Eidenmüller Elemért, a harmadik segédorvosi állás betöltetlen maradt. A sebészeti osztály főorvosává dr. Förgeteg Jánost, a belgyógyászati osztály főorvosává pedig dr. Vígh Ágostont nevezik ki a pályázati előírások pontos betartása mellett. A kórház igazgatója dr. Vígh Ágoston lett.
Az új kórház négy osztályra tagozódott, és az ágyak száma 120. Az ágyak elosztása a következő:
A főépületben 80 ágy, míg a volt fertőzőkórházban 40 ágy kapott helyet. Nagy probléma volt a tüdővészben szenvedők elhelyezése, akiket fel kellett venni a kórházba, mert máshol nem kaptak helyet. A probléma ideiglenes megoldása az volt, hogy a fertőzőosztályon két szobát elkülönítettünk részükre. Ennek az osztálynak a kapacitása sosem volt teljesen kihasználva. Annak ellenére, hogy háború volt, sikerült a kórházat jól felszerelni és teljes üzemben tartani.
1943-ban dr. Eidenmüller Elemér katonai szolgálatra bevonult. Nem tért vissza többé, a háború áldozata lett. 1944-ben kórházvonaton teljesített szolgálatot, megkapta pacienseitől a difteritiszt, és meghalt. Utódjául dr. Tóth Abonyit nevezték ki segédorvossá.
1943-ban a sebészeti osztály főorvosát katonai szolgálatra behívták. Ez alatt az idő alatt dr. Milivoj Borđoški nyugdíjas főorvos helyettesítette. 1943. december 19-én váratlanul elhunyt. Halála általános részvétet váltott ki mind a nagyközönség, mind orvos kollégái körében. Húsz évig vezette a kórházat. Érdemes és fontos a felette elhangzott nekrológot teljes egészében ideiktatni.
"Orvost temetünk. Élt 59 évet. Utolérte őt is az orvosok halálozási statisztikájának tragikuma, amely átlag 60 esztendőt engedélyez az orvos számára. Erős fizikumú, egészséges embernek ismerte őt mindenki. Hogy van az, hogy mégis ilyen drámai hirtelenséggel mondta fel szíve a szolgálatot" Dr. Borđoąki is, mint sok-sok száz orvos hivatása áldozata lett. Mint ifjú sebész szakorvosi pályát választott élethivatásul. A budapesti Szent Margit Kórházban hét éven át a betegek ezreit gyógyította, operálta. Részt vett abban az emberfeletti munkában, amely a világháború velejárója volt. 1919-ben Zentára költözött. A jól képzett sebész olyan primitív kórházi körülmények közé került, hogy valósággal istenkísértés volt a műtéti beavatkozás. S ő vállalkozott erre a sziszifuszi munkára. Javított, toldozott, berendezkedett a szűkös anyagi lehetőségek határain belül, és orvosi zsenialitásával pótolta mindazt, ami felszerelésben hiányzott. S hogy ez a munka milyen eredményes volt: azt a megmentett emberéletek százai igazolják.
Salus aegroti suprema lex esto. A beteg üdve a legfőbb törvény. Ez a jelmondat kísérte őt egész élete pályáján, és ez tőle oly fárasztó, oly felelősségteljes és oly nehéz munkát követelt. Ebben az emberfeletti munkában, amelyben teste és lelke egyaránt részt vett: kifáradt a szíve, és bekövetkezett korai halála.
Szeretted szülővárosodat, Borđoški Milivoj! Amikor Budapestről elköltöztél, a zentai pozíciónál sokkal fényesebb és kecsegtetőbb elhelyezkedést találhattál volna az akkori Jugoszlávia fejlődésnek indult fővárosában. De Tebenned élt az a lokálpatriotizmus, amelyet őseidtől örököltél. Ide kötött az ősi rög. Az a rög, amely minket, bácskaiakat mindig visszahív. Az Úristen rendelése az, hogy mi, vegyes ajkú bácskaiak, szeressük ezt a földet, és szeressük mindazokat, akik ebből a televényből keltek életre. Szeretted az embereket faji különbség nélkül, és ezt a szeretetet faji különbség nélkül hatványozottan viszonozták is.
Mint sebész-főorvos Borđoški Milivoj beteget gyógyított, mint városi fizikus az egészséges emberek életét védte. Mint orvos kolléga a kollegiális szeretetet ápolta, és ügyelt rendi tekintélyünkre. - Búcsúzunk tőled, Borđoški Milivoj, az orvos kartársak, a kórház, a tisztviselők, az egészségügyi munkások és Zenta város közönsége nevében. Emlékedet szívünkbe zárjuk! Nyugodjál békében!"
Ennek az esztendőnek még egy igen fontos eseménye volt. Annak ellenére, hogy a város sokat áldozott az újonnan kibővített és felszerelt kórházra, ismét felvetődött egy régi probléma: elajándékozni a kórházat és olyan jogi személynek átengedni a kórházfenntartói tisztet, akinek, illetve amelynek nagyobb anyagi lehetőségei vannak a kórház további fejlesztésére és fenntartására. 1921-ben a városi közgyűlés felajánlotta a kórházat az államnak az akkori közgyűlési jegyzőkönyvek tanúsága szerint. Az államosításból azonban nem lett semmi. 1943 őszén ugyanez a próbálkozás megismétlődött. Ez esetben a város vezetősége a közgyűlés jóváhagyására támaszkodva úgy határozott, hogy a vármegyének ajánlja fel a kórházat. "Timeo Danaos et dona ferentes" mondja a latin közmondás (félek a görögöktől, még ha ajándékot hoznak is). A felajánlás megtörtént, és az ajándékot a vármegye elfogadta tekintet nélkül azokra az anyagi terhekre, amelyek egy ilyen kórház fenntartásával együtt járnak. A közgyűlés egyhangú határozatát egyetlen ellenvetés sem zavarta. Az erre vonatkozó feljegyzések a következők:
Az 1943. december 13-i vármegyei törvényhatósági közgyűlés foglalkozott ezzel a kérdéssel. "Zenta városa kórházát minden épületével, felszerelésével és 9 holdnyi belsőségével a vármegyének ajándékozza. A közgyűlés ezt az ajándékot hálásan fogadta." A kérelem indoklását a közgyűlésen a kórházigazgató olvasta fel, amelynek lényege az volt, hogy Zenta a maga mérsékelt anyagi lehetőségével nem tudott megfelelő támogatást nyújtani annak a kórháznak, amely a Tisza-mellék egyedüli nagyobb kórháza, és amely kb. 140000 lakos egészségügyi ellátását volt hivatva teljesíteni. Tekintve, hogy a vármegyének elsőrendű érdeke, hogy ennek a vidéknek jobb egészségügyi színvonalat biztosítson, kívánatos, hogy a kórház megyei kezelésbe vétessék, mert csak így valósíthatók meg azok a kórházfejlesztési törekvések, amelyek több mint fél évszázada megvalósulásra várnak.
Ez a jogi szituáció a kórház történetében az 1944. október 8-án bekövetkezett felszabadulásig tartott. A második világháború utolsó éve volt már ez, és amiatt újabb és nagyobb beruházásokra sor nem kerülhetett.
A felszabadulás utáni időkben a kórházra igen komoly munka várt. A háború még javában folyt, és a kórház bekapcsolódott a Népfelszabadító Hadsereg egészségügyi munkájába. Zentán hadikórházat állítottak fel a gimnáziumban és az ún. Amerika Szállóban. Mindkét hely megtelt sebesültekkel. A legsúlyosabb eseteket egyenesen a városi kórházba küldték. Ugyancsak oda kerültek a hadikórházból azok, akiket operálni kellett. A kórház orvosai önfeláldozással és fáradtságot nem ismerő kitartással gyógykezelték a felszabadító háború sebesültjeit és betegeit.
1945. május 9-én megszűnt a háború. 1945 nyarán meg lehetett szüntetni a hadikórházat is, mert ekkorára a sebesültek és a háború betegei már meggyógyultak.
A háború utáni első években a kórház állandó káderhiánnyal küzdött. 1945-ben egy sebész, egy belgyógyász és egy segédorvos működött. Ez a káderhiány mind az orvosokra, mind az egészségügyi segédszemélyzetre vonatkozott. Súlyosbította a helyzetet az orvosváltozás is. Dr. Förgeteg János, aki 1941 óta dolgozott a kórházban, magyar állampolgár létére nem hagyta el a munkahelyét 1944 őszén, hanem felelősségteljes sebészeti munkáját folytatta egészen 1945 szeptemberéig. Lelkiismeretes orvosi munkájáért több ízben dicséretben részesült. 1945. szeptember 22-én szűnt meg a szolgálata. Magyarországra távozott. Dr. Milivoj Borđoški volt az első orvos, aki bevezette a zentai kórházban a modern sebészetet. Dr. Förgeteg személyében méltó utódot kapott a sebészeti osztály. Különösen a hassebészeti eredmények tették emlékezetessé dr. Förgeteg zentai működését. Értesülésünk szerint 1963. április 23-án, 60 éves korában elhunyt. A szolnoki kórház sebészeti osztályának volt a főorvosa. Négyéves zentai működésének emlékét számos operált páciense őrzi.
Dr. Förgeteg távozása után dr. Grünhut Maxim bajai orvos vette át ideiglenesen az osztály vezetését. Működése mindössze hat hétig tartott (1945. IX. 23. - XI. 07-ig). Minthogy szakképesítését nem állott módjában igazolni, elhelyezték Zentáról.
1945. november 7-én a Vajdasági Egészségügyi Tanács dr. Nikola Davidović sebész szakorvost, az újvidéki kórház alorvosát nevezte ki a sebészeti osztály vezető főorvosává. 1948 decemberében az akkor még érvényben levő polgári mobilizációs törvény alapján Kumanovóra helyezték, és többé nem tért vissza Zentára.
1946. január 12-től 1946. július 10-ig egy hathónapos ápolónői tanfolyamot tartottunk a kórházban kilenc bentlakó nő részére, akik a népfelszabadító háborúban részt vettek, és a hadseregben leszerelték őket. A tanfolyamot a Tartományi Egészségügyi Osztály rendelte el. Előadók a kórház orvosai voltak. Mind a kilenc sikeresen levizsgázott. A kiküldött bizottság a következő személyek részére állította ki az ápolói oklevelet: Milica Marković, Julka Hric, Nada Dimić, Milka Perović, Ljubica Čalenić, Nada Nikolić, Katica Župan, Savka Stupar, Nada Pivić.
A felszabadulás után helyreállt a status quo, és a kórház ismét a város hatáskörébe került. Mint a város költségvetésébe felvett intézmény nem rendelkezett önálló pénzkezeléssel. A kórház adminisztrációja tulajdonképpen a város expozitúrája volt. 1952. december 31-ig ez volt a kórház jogi helyzete. Ebben az időben még nem érvényesült a kollektív igazgatás. Az összes kórházi alkalmazottakat a Népbizottság nevezte ki.
A betegforgalom és következésképpen az ágykihasználás igen nagy volt. Érthető is, hiszen az a hatalmas, 150 000 lelket számláló terület, mely egészségügyi szempontból Zentára volt utalva, jóval nagyobb - több száz ágyas kórházat megtölthetett volna betegekkel. Három és fél évvel megnyitása után az új kórház már helyiséghiánnyal küzdött. Ebből is látható, hogy az elmúlt évtizedek mulasztása nem évült el, hanem mint akut hiányosság jelentkezik. Ebben az időben nem lehetett átfogóbb terveket készíteni, mert férőhelyhiányon kívül a kórházi felszerelés előteremtése és pótlása volt egyik legsürgősebb feladat.
És mégis történt ezen a téren is némi előrehaladás. Az ún. "B" pavilont, ahol csak 20 ágy fért el, hozzáépítéssel kibővítettük. Eredetileg a járványkórház fabarakkja volt, és 1912-ben épült. A falak kívül-belül deszkából készültek, és mészhabarcs burkolata volt. Minthogy így nem felelt meg kórházi betegek gyógykezelésére, az épület lebontásra került. Új téglafalakra helyezték a teljesen jó állapotban levő tetőt, és az épületet keletről egy oldalszárnnyal toldottuk meg. Tizenkét ággyal többet lehetett elhelyezni ebben a pavilonban. Ekkor, 1947-ben lett a kórház 132 ágyas.
Ugyanebben az évben modernizáltuk a járványosztályt. Két kórteremmel megtoldottuk északi irányban, és a nagyobb szobákat válaszfalakkal kisebbekre osztottuk, hogy tökéletesebben keresztülvihessük a fertőző betegek izolálását.
Amint már említettük, a helyhiány mellett káderproblémák is voltak. Az 1941-1945-ös években az orvosi segédszemélyzet munkáját apácák látták el. Négy szakképzett, hosszú klinikai és kórházi gyakorlattal rendelkező nővér végezte ezt a munkát szakképzetlen ápolónők segítségével. A kifogástalan ápoláson kívül érdemük volt még, hogy a segédápolónőket betanították. Így, amikor 1945. szeptember 23-án el kellett hagyniok az országot, mert magyar állampolgárok voltak, már néhány jól betanított ápolónővel rendelkeztünk.